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La France héberge 34 des 36 espèces de chauves souris présentes en Europe. On dénombre au minimum 15 espèces par département, même à Paris. En 2009, selon l'Union internationale pour la conservation de la nature et le Muséum national d’histoire naturelle, un tiers des espèces de chiroptères étaient menacées ou quasi-menacées en France métropolitaine. Le Rhinolophe de Méhely, par exemple, est considéré comme en danger critique d’extinction. Il n’est plus retrouvé que très rarement dans l’Hérault et semble avoir disparu de Corse, du Gard et des Bouches-du-Rhône. Trois autres espèces sont considérées comme vulnérables (le Minioptère de Schreibers, le Murin de Capaccini et le Murin du Maghreb) et sept autres comme quasiment menacées.
