Ils ont ainsi relevé une paperasserie trop lourde dans l’application de cette conditionnalité des aides mais également un climat de crainte des agriculteurs devant les contrôles et des problèmes de concurrence inégale entre agriculteurs du fait d’une application différente des règles de conditionnalité entre Etats membres.
Le Parlement européen approuve les propositions de la Commission européenne pour améliorer et simplifier le système de conditionnalité (meilleure information des agriculteurs, introduction d’un certain degré de tolérance en cas d’infraction mineure, harmonisation des taux de contrôle, notification préalable à certains contrôles sur place) mais réclame des mesures plus audacieuses, en commençant par une liste de normes à respecter plus courtes et avec des exigences plus claires. Certains députés demandent également un allègement des contrôles ou le report de l’application du système d’éco-conditionnalité pour les nouveaux Etats membres.