Le marché de la pomme de terre bio demeure confidentiel : environ 30 000 tonnes, dont moins de 10 000 tonnes sont écoulées en circuits courts, via la vente directe. Deux marchés se distinguent sur les circuits dits « longs » : la grande distribution traditionnelle privilégie à ce jour les pommes de terre bio lavées et emballées, tandis que les circuits spécialisés bio proposent principalement des pommes de terre simplement brossées, présentées en vrac.
Si le marché est rémunérateur avec des prix homogènes et relativement stables, « la culture de la pomme de terre biologique est une production risquée techniquement et les coûts de production sont élevés. » La principale menace porte sur les ravageurs (mildiou, taupins…), pour lesquels la filière est peu armée, faute de solutions biocompatibles suffisantes. Le CNIPT relève également qu'il « existe un relatif équilibre entre l'offre et la demande française de pommes de terre bio depuis plusieurs campagnes. »