En termes de gaz à effets de serre, l'objectif du lycée Vaclav Havel est ambitieux : diviser les émissions par 6 au minimum, dès l'année 2012, bien au-delà des visées du protocole de Kyoto, qui prévoit de diviser par 4 les émissions à l'horizon… 2050.
Ce lycée public d'Aquitaine est également en avance sur le Grenelle de l'environnement, qui rendra obligatoires les bâtiments à énergie positive pour les dépôts de permis de construire à compter de fin 2020, ce qui en fait le premier lycée de cette catégorie en France.
La priorité a ainsi été donnée à une isolation thermique de pointe et à des éclairages et équipements à consommations d'énergie minimales. Le solde de la consommation est compensé par la production sur site d'énergies renouvelables (bois et électricité verte).
Afin de produire plus d'énergie (électricité, chaleur) qu'il n'en consomme pour son fonctionnement, plus de 2.500 m² de panneaux photovoltaïques ont été installés pour une puissance de plus de 340.000 kwh/an, l'équivalent de la consommation de 100 foyers français.
Le lycée est également équipé de plus de 400 m² de capteurs solaires pour l'eau chaude sanitaire du lycée et le chauffage du gymnase.
Le bâtiment se caractérise enfin par un bilan carbone global négatif (- 7 T CO2/an estimé).