L’appel à projets « pôles d’excellence rurale » a été lancé fin décembre 2005 avec l’objectif de soutenir 300 initiatives locales porteuses de projets créateurs d’emplois, innovants, ambitieux, bâtis autour de partenariats publics-privés. Devant le dynamisme des acteurs locaux, ce sont finalement 379 projets qui ont été labellisés en un an.
Les projets sélectionnés représentent un investissement de 1,194 milliards d’euros. Ils devraient permettre la création de 35 000 emplois dont 13 000 directs. L’Etat réserve à cet effet 235 millions d’euros aux PER labellisés. Les débuts de réalisation des projets des PER devaient avoir débuté le 24 juin pour la première vague, et devront être lancés le 8 décembre pour la seconde vague.