L’évolution des milieux due à l’abandon du pastoralisme a entraîné une forte régression de l’habitat de la Vipère d’Orsini (en danger critique). Cette espèce est également victime de l’urbanisation et de la construction d’infrastructures routières et ferroviaires, tout comme la Tortue d’Hermann (vulnérable en France et en danger dans le Var). A ces menaces, s’ajoute la collecte illégale d’individus pour les deux espèces.
Enfin, la compétition avec des espèces exotiques introduites, telles que la Tortue de Floride ou la Grenouille taureau, représente une menace pour des espèces autochtones comme la Cistude d’Europe (une tortue d’eau douce quasi menacée) et les espèces de Grenouilles vertes.
Vivant en haute altitude, d’autres espèces sont aujourd’hui relativement à l’abri des pressions humaines, du fait de leur localisation dans des lieux inhabités et peu fréquentés par l’Homme. Mais l’aire de répartition très réduite de plusieurs d’entre elles les place en situation de grande fragilité face à toute menace nouvelle qui pourrait survenir, comme la construction de routes ou de stations de ski. C’est le cas du Lézard d’Aurelio et de la Salamandre de Lanza (tous deux en danger critique). Le réchauffement climatique pourrait également s’avérer très préjudiciable à l’avenir pour ces espèces.
Outre les espèces aujourd’hui menacées, 6 espèces de reptiles et 6 d’amphibiens se classent dans la catégorie “quasi menacée”. Le nombre d’espèces menacées en France métropolitaine pourrait donc doubler dans les années à venir si aucune action n’était entreprise pour améliorer leur situation.